1

この問題を解決するには、助けが必要です。Cygwin (Windows 8 64 ビット) で Samtools をコンパイルすると、エラーが発生しました。

次のメッセージを受け取りました。

ADMIN@USER ~/samtools-0.1.19

$ make    
make[1]: Entering directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'    
make[2]: Entering directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'    
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -DBGZF_CACHE -I. bgzf.c -o bgzf.o    
In file included from bgzf.c:32:0:    
bgzf.h:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory    
#include <zlib.h>        
^         
compilation terminated.    
Makefile:56: recipe for target 'bgzf.o' failed    
make[2]: *** [bgzf.o] Error 1
make[2]: Leaving directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'
Makefile:27: recipe for target 'lib-recur' failed
make[1]: *** [lib-recur] Error 1
make[1]: Leaving directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'
Makefile:27: recipe for target 'all-recur' failed
make: *** [all-recur] Error 1

何が問題で、どのように修正する必要があるか教えてください。-D_CURSES_LIB=1 を -D_CURSES_LIB=0 に変更し、"LIBCURSES= -lcurses # -lXCurses" を "LIBCURSES= # -lcurses # -lXCurse

エラーメッセージはまだ続きます。助けてください..

4

1 に答える 1

2

同じ問題があり、次の手順で解決しました。

Cygwin インストーラーを起動し、[パッケージの選択] ページで、gcc-g++、gdb、make、libncurses、zlib、zlib-devel を検索してインストールします。

samtools をダウンロードして抽出します。

-Dexpl=exp -Dlogl=log次のように、Makefile のデフォルトDFLAGS行に追加します。

DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -Dexpl=exp -Dlogl=log

実行make cleanして、以前のビルド試行をクリーンアップします。

次に実行しmakeます。

samtools.exe と misc フォルダーをシステム パスにコピーします。または、samtools バージョン 1.0 以降の場合は、make install.

注意: samtools は現在バージョン 1.1です。最初に試してみてください。

詳細については、私のブログをご覧ください。

于 2014-09-30T02:52:08.390 に答える