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Python と BioPython を使い始めたばかりで、プログラミングの経験があまりありません。皆さんの助けがあれば幸いです。

genbank から CDS および/または rRNA 配列を抽出しようとしています。オープンリーディングフレームのみを取得することが重要です。そのため、シーケンス全体を取得するだけではありません. 以下のコードを実行すると、次のようなエラーが表示されます。

ハンドルにレコードが見つかりません

次のコード行の場合: record = SeqIO.read(handle, "genbank"). この問題を修正する方法がわかりません。以下に使用しているコードを含めました。

また、これを行う簡単な方法や公開されたコードがあれば、教えていただければ幸いです。

ありがとう！

# search sequences by a combination of keywords
# need to find (number of) results to set 'retmax' value
handle = Entrez.esearch(db = searchdb, term = searchterm)
records = Entrez.read(handle)
handle.close()
# repeat search with appropriate 'retmax' value
all_handle = Entrez.esearch(db = searchdb, term = searchterm, retmax = records['Count'])
records = Entrez.read(all_handle)

print " "
print "Number of sequences found:", records['Count'] #printing to make sure that code is working thus far. 
print " "

locations = [] # store locations of target sequences
sequences = [] # store target sequences

for i in range(0,int(records['Count'])) :
    handle = Entrez.efetch(db = searchdb, id = records['IdList'][i], rettype = "gb", retmode = "xml") 
    record = SeqIO.read(handle, "genbank")
    for feature in record.features:
        if feature.type==searchfeaturetype: #searches features for proper feature type
            if searchgeneproduct in feature.qualifiers['product'][0]: #searches features for proper gene product
                if str(feature.qualifiers) not in locations: # no repeat location entries
                    locations.append(str(feature.location)) # appends location entry
                    sequences.append(feature.extract(record.seq)) # append sequence
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フォーマットが genbank フラット ファイル フォーマットであると予想されるxml場合、genbank から要求しています。行を次のようにSeqIO.read変更してみてください。efetch

handle = Entrez.efetch(db = searchdb, id = records['IdList'][i], rettype = "gb", retmode = "txt")
于 2014-03-25T18:02:36.063 に答える