ng-if ブロック内にネストされた ng-repeat があります。
<div ng-repeat="item in filteredItems = (fullItemCollection | filter:searchQuery)>{{item}}</div>
コントローラーから $scope.filteredItems にアクセスしようとすると、filteredItems が表示されません。ng-if によって作成されたスコープと関係があると思いますが、以前に同様の設定を問題なく使用したことがあると確信しています。
jsfiddle をデモとして作成: http://jsfiddle.net/gLdeM/
また、この動作が ng-if なしで実際に機能することを示すために jsfiddle を作成しました: http://jsfiddle.net/LgSAL/1/
注: plnkr が大流行していることは知っていますが、何らかの理由でファイアウォールが plnkr での保存をブロックしています :(