このようなものはうまくいくべきではありませんか?
次のようにフォーマットされたドキュメントを想定します。
<root>
<element id = "a"></element>
</root>
Node node = doc.query("/root/element").get(0);
String id = node.getDocument().getRootElement().getAttribute("id");
ルート要素の値を出力すると、これが機能するように見えます。ここで何が失敗していますか?