非平衡状態で分子動力学をシミュレートするために使用できる python パッケージを探しています。私は、主に動力学理論の方法でかなり多数の分子を処理でき、固体表面の存在を処理できるセットアップが必要です。表面に関しては、任意の形状を作成し、分子作用から生じる圧力やその他の変数を監視できる必要があります。または、それを処理できる分子があれば、表面パーツを自分で追加することもできます。
適切なパッケージを知っている人はいますか?
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SimPyを検討しましたか？SimPyは、かなり一般的な離散イベントシミュレーションパッケージですが、ニーズを十分に満たすことができます。
さらに良いことに、分子モデリングツールキット（MMTK）はより専門的であるようです...
どちらも使用していませんが、楽しそうですね。言語としてのPythonは、シミュレーションソフトウェアで使用するのに特権的な立場にあるようです。これにより、人々は、スケジューリング、視覚化、監視などのすべての一般的なロジックのフレームワークに依存しながら、モデルの特定の詳細をスクリプト化できます。そのようなツールキットは、生物学モデルに見合ったエージェント数を供給されたときにどれだけうまくスケーリングできるか（BTW、それはどれくらい「大きい」か？）
于 2010-03-03T04:13:26.580 に答える
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Lampps と gromacs は、よく知られている 2 つの分子動力学コードです。これらのコードにはどちらも Python ベースのラッパーが含まれていますが、ラッパーがどの程度の機能を公開しているかはわかりません。シミュレーションを十分に制御できない場合があります。
「GromacsWrapper」の場合は Google、「lammps」と「pizza.py」の場合は Google
デジタル材料と ASE は、多くの機能を公開する 2 つの分子動力学コードですが、前回見たときは、どちらもかなり専門化されていました。必要な力ポテンシャルを使用できない場合があります。
「デジタル素材」と「コーネル」の場合は Google、「ase」と dtu の場合は google
MJV への注意: 通常の MD コードは一度に 1 つの時間ステップを取り、各時間ステップですべての粒子を移動します。ほとんどの時間は、各原子にかかる総力の計算に費やされます。これには、隣接するアトムのペアのリストを反復処理することが含まれます。最良のアイデアは、力の計算といくつかの基本を C++ または Fortran で行い、その機能を Python でラップすることだと思います。(しかし、numpy 行列を使用してどこまで到達できるかを見るのは楽しいかもしれません)
于 2010-03-03T07:47:44.527 に答える
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もう 1 つの汎用シミュレーション フレームワークは、私自身のGarlicSimです。あなたはそれを試すことができます。真剣に考えているなら、simpack の作成を手伝うことができます。
于 2010-04-27T12:14:13.757 に答える
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そのプログラムが必要なすべての機能を実行するかどうかはわかりませんが、kdeプログラムにはアボガドロがあります。拡張可能であり、オープンソースであるため、何でもできます。http://www.kde-apps.org/content/show.php/Avogadro?content=59521
それは本当に高度で、私の友人によってプログラムされています
于 2010-03-03T04:16:40.663 に答える