ここの biopython ヘルプ ページに基づいて、最初または最後の 10 に基づいて配置列をフィルター処理できます。
align[:, :10] + align[:, -10:]
alignを使用して生成された MSA オブジェクトである
from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read("Clustalw/opuntia.aln", "clustal")
しかし、位置のリストに基づいて列を抽出すると言うことは可能ですか。たとえば、次のリストがあるとします。
a=[12, 52, 68,45]
これらの列だけを配置から抽出する方法はありますかalign。
と呼ばれるRパッケージbio3dは、リストを入力として提供することでアライメントをフィルター処理するのに便利ですが (実行することによりfiltered_align = align[, a])、Python からこれを使用できると便利です。
ありがとうございました