私のファイルでペアワイズ計算を行う bash スクリプトを書きたいと思います。
ディレクトリ内に固定ファイルと、ペアごとの比較に使用する一連のファイルがあります。
例えば：
固定ファイルの名前は次のとおりです: Genome.vcf すべてが 1 つのディレクトリにあるペアワイズ計算のファイルの名前: ind_GER、ind_ENG、ind_MRO
次のスクリプトを思いつきました。
#!/bin/bash
for pop1 in $(find ind_*)
do
for pop2 in $(find ind_*)
do
vcftools --gzvcf PATH/Genome.vcf --weir-fst-pop $pop1 --weir-fst-pop $pop2 --out $pop1_$pop2_fst
done
done
私が得るエラーは次のとおりです。
Error: Requested Missing Argument
明らかに、私は何か間違っています。これを手伝ってくれたらとてもありがたいです、ありがとう。