0

コマンドラインツールの入力であるファイルのペアの数がそれぞれ異なる50個のフォルダーがあるとしましょう。

#for f in ./*shuf; do #lists all the directories
    #FILES=${f}/*.fastq #to get all the fastq files in the directory

    FILES="./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121017_1_f.fastq ./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121017_1_r.fastq ./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121103_1_f.fastq ./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121103_1_r.fastq ./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121214_1_f.fastq ./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121214_1_r.fastq"

私がする必要があるのは、ファイルをそれぞれのペア (ファイル名ごとに 1 つの r と 1 つの f) に分割することです (単一のペアの場合)。

echo $PAIR

./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121017_1_f.fastq ./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121017_1_r.fastq

これを、この形式にする必要がある入力として使用します

 (`basename ${PAIR%_*}; $PAIR`):
 C115_7.121017_1 ./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121017_1_f.fastq ./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121017_1_r.fastq

そして、すべてのペアをループします。

私はこれをやろうとしていました:

IFS=' ' read -ra ADDR <<< "$FILES"
echo "${ADDR[ ]}"

しかし、私はエラーが発生して立ち往生しています${ADDR[ ]}: bad substitution。私は本当に学びたいので、方法の説明を含めていただけませんか。

編集：

少し明確にするために：

これは、私が出力を探しているものです。

 IFS=' ' read -ra ADDR <<< "$FILES"
 pairs="${ADDR[@]}"
 for afile in ${pairs}; do bfile=${afile%_*}; echo ${bfile}_r.fastq ${bfile}_f.fastq; done

しかし、複製せずに：

./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121017_1_r.fastq ./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121017_1_f.fastq
./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121017_1_r.fastq ./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121017_1_f.fastq
./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121103_1_r.fastq ./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121103_1_f.fastq
./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121103_1_r.fastq ./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121103_1_f.fastq
./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121214_1_r.fastq ./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121214_1_f.fastq
./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121214_1_r.fastq ./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121214_1_f.fastq
4

2 に答える 2

1 
shopt -s nullglob

KEYS=()
declare -A MAP=()

for D in ./*shuf; do
    for F in "$D"/*.fastq; do
        KEY=${F##*/} KEY=${KEY%_*}
        [[ -z ${MAP[$KEY]} ]] && KEYS+=("$KEY")
        MAP[$KEY]+=" $F"
    done
    for KEY in "${KEYS[@]}"; do
        echo "${KEY}${MAP[$KEY]}"
    done
    KEYS=()
    MAP=()
done

または

shopt -s nullglob

KEYS=()
declare -A MAP=()

for D in ./*shuf; do
    for F in "$D"/*.fastq; do
        KEY=${F##*/} KEY=${KEY%_*}
        [[ -z ${MAP[$KEY]} ]] && KEYS+=("$KEY")
        MAP[$KEY]+=" $F"
    done
done

for KEY in "${KEYS[@]}"; do
    echo "${KEY}${MAP[$KEY]}"
done

それには Bash 4.0 以降が必要です。幸運を。

于 2014-07-03T17:55:36.263 に答える
0 
for f in *shuf; do
  files=( "$f"/*.fastq ) # an array of files, NOT a string
  for file in "${files[@]}"; do # expands each element into a separate parameter
    # write output; note that this is DANGEROUS because it's newline-terminating
    # ...filenames which can potentially themselves contain newlines.
    printf '%s %s\n' "$(basename "${file%_*}")" "$file"
  done
done
于 2014-07-03T17:39:52.330 に答える