Macports が $PATH を設定する唯一の方法は、~/.bash_profile または ~/.profile を使用することだと思います。~/.bashrc がないことを確認しました。しかし、コメントアウト行の後:
#export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:$PATH
$PATH にまだ /opt/local/bin があります
$echo $PATH
/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/usr/local/texlive/2012/bin/x86_64-darwin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/opt/X11/bin:/usr/texbin
~/.bash_profile のパスの先頭に texlive パスを追加するため、macport がどこで PATH 変数を変更したのか疑問に思っています。