この問題は、gobject-introspection で参照されなかった GTK3 のコンパイル済みバージョンが原因です。
.typelib
gobject-introspectionにファイルを一覧表示することで問題を簡単に確認できます
$ which g-ir-scanner
/Produits/publics/x86_64.Linux.RH6/gobject-introspection/1.40.0/bin/g-ir-scanner
$ ls /Produits/publics/x86_64.Linux.RH6/gobject-introspection/1.40.0/lib/girepository-1.0/
cairo-1.0.typelib fontconfig-2.0.typelib GIRepository-2.0.typelib GModule-2.0.typelib win32-1.0.typelib xlib-2.0.typelib
DBus-1.0.typelib freetype2-2.0.typelib GL-1.0.typelib GObject-2.0.typelib xfixes-4.0.typelib xrandr-1.3.typelib
DBusGLib-1.0.typelib Gio-2.0.typelib GLib-2.0.typelib libxml2-2.0.typelib xft-2.0.typelib
この問題は、configure オプションを使用して GTK (およびその依存関係) を再コンパイルすることで解決する必要があります--enable-introspection=yes
。