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かなり大きな .graphml ファイル (~7GB) がいくつかあり、NetworkX を使用してこれらのファイルに対していくつかのアルゴリズムを実行したいと考えています。これらのgraphmlファイルを読み込もうとするたびに：

print "Reading in the Data...\n"
G = nx.read_graphml('%s' % path_string)
plt.title('%s Network' % name_string)
nx.draw(G)
plt.show()

次の出力が得られます。

/usr/bin/python2.7 /home/user/PycharmProjects/G_Project/Graph.py
Reading in the Data...


Process finished with exit code 139

これは、ファイルを開こうとしたときにコンピューターのメモリが不足したために発生したと想定していますが、大きな .graphml ファイルを処理しながら NetworkX を使用する方法はありますか?

私は NetworkX をかなり使いこなしており、便利だと思っています。そのため、大きな graphml ファイルに対する何らかの回避策があれば、それを感謝します。

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これは networkX の回答ではないことは承知していますが、graph-toolを検討することをお勧めします。また、graphml 形式もサポートしています。

Graph-tool と networkx の比較は、彼らの Web サイトで確認できます。

注: コメントするほどの評判はありません。したがって、回答として投稿します。

于 2014-08-09T15:28:08.567 に答える