Gtk3 での PNG 画像の読み込みに問題があります。ToolButtons のイメージ シンボルが壊れています。調査の結果、GdkPixbuf が PNG ファイルを読み取れないことが原因であることがわかりました。
Pythonコンソールで問題を再現しました
>>> from gi.repository import GdkPixbuf
>>> print(GdkPixbuf)
<gi.module.DynamicModule 'GdkPixbuf' from '/home/user1/ctcils/dusserm/applications/gobject-introspection/1.40.0/lib/girepository-1.0/GdkPixbuf-2.0.typelib'>
>>> GdkPixbuf.Pixbuf.new_from_file("/home/user1/ctcils/dusserm/applications/pycharm-community-3.4.1/bin/pycharm.png")
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
gi._glib.GError: Couldn't recognize the image file format for file '/home/user1/ctcils/dusserm/applications/pycharm-community-3.4.1/bin/pycharm.png'
ここ数日で直面した問題の多くは、Gtk3、pygobject、およびそれらのすべての依存関係をコンパイルし、それらを非標準のディレクトリにインストールしなければならなかったという事実によるものでした。gobject イントロスペクション (長いリストの最後) に問題があると思われます。