Windows APIには、Windowsエクスプローラーの[隠しファイル、フォルダー、およびドライブを表示する]オプションを切り替える機能があります([ツール]>>[フォルダーオプション...]>>[表示]タブ)。
関連するレジストリキーを知っていますが、それを変更してもすぐには効果がありません。重要なのは:HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Explorer/Advanced/Hidden
C#からこれを実行しようとしていますが、質問は言語固有ではありません。