Thinktecture Identity Server V3 を使用していますが、依存関係の登録で 2 つの異なるリポジトリに対して異なる接続文字列を使用する方法に問題があります。以下のコードを参照してください。
options.Factory.Register(Registration.RegisterType<IRepository<ScopeWrapper>>(typeof(MongoRepository<ScopeWrapper>)));
options.Factory.Register(Registration.RegisterType<IRepository<User>>(typeof(MongoRepository<User>)));
ありがとう、
エド