私はこれのバリエーションを試しましたが、cygwin ウィンドウを起動する機能以外に運がありませんでした。(わかりやすくするためににラップ)
Filename: "c:\cygwin\bin\bash.exe";
Parameters: "-c c:/scripts/step1.sh paramX";
Flags: shellexec waituntilterminated;
StatusMsg: "Running the script..."
(これは内部インストール用であるため、cywin がインストールされ、すべてのパス、スクリプトが既知です)