Windows から OSX に切り替えたばかりなので、これが単純な修正である場合は申し訳ありません。
Atom 内で新しいファイルを作成するたびに、このエラーが発生します。
EACCES、許可が拒否されました '{File Path}.'。
アプリケーションフォルダー内の実際のアプリのアクセス許可を既に変更しましたが、機能していないようです。
また、ファイルを保存すると、Atom Helper がランダムにパスワードの入力を求めてくることにも気付きました。
明らかに何かがおかしい。
助けてくれてありがとう!