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Rserve を使用して、Java プロジェクトから R スクリプトにアクセスしています。Java コードは、ファイルの場所を入力するためのユーザー入力を要求し、文字列変数に格納します。次に、この変数は R 関数に渡され、ファイルの場所を読み取り、いくつかのプロセスを実行してから、新しいフォルダーを作成し、処理されたデータを個々のファイルに書き込み、すべてのファイルが生成されたことをコンソールに出力します。最初に、プログラムの小さいバージョンで R 接続を確認したところ、機能しました。しかし、ファイルにデータを書き込む手順を含めると、次のエラーが表示されます: ファイル パスを入力してください:

/home/workspace/TestR/test_file
Exception in thread "main" org.rosuda.REngine.Rserve.RserveException: eval failed, request status: error code: 127
    at org.rosuda.REngine.Rserve.RConnection.eval(RConnection.java:234)
    at testMain.main(testMain.java:23)

さらに、このコードは、Rscript から R 経由で出力する必要があるステートメントをコンソールに出力しません。Javaコードは次のとおりです。

import java.util.Scanner;

import org.rosuda.REngine.REXP;
import org.rosuda.REngine.REXPMismatchException;
import org.rosuda.REngine.REngineException;
import org.rosuda.REngine.Rserve.RConnection;
import org.rosuda.REngine.Rserve.RserveException;

public class testMain {
    static String dirPath;
    public static void main(String[] args) throws REXPMismatchException, REngineException {

        // For user input
        Scanner scanner = new Scanner(System.in );
        System.out.println("Enter the file path: ");

        dirPath = scanner.nextLine();

        RConnection c = new RConnection();
        // source the Palindrome function
        c.eval("source('/home/workspace/TestR/Main.R')");

        REXP valueReturned = c.eval("Main(\""+dirPath+"\")");
        //c.eval("Main(\""+dirPath+"\")");
        System.out.println(valueReturned.length());
    }

}

そして、ここにRスクリプトがあります:

Main <- function(FILE_PATH)
{
  ## load libraries
  library(MALDIquant)
  library(MALDIquantForeign)
  library(dcemriS4)
  require(gridExtra) # also loads grid
  library(lattice)
  library(fields)
  library(matlab)
  library(rJava)

  #Call the source files of the function which this script will use
  source('/home/workspace/TestR/importAnalyzeFormat.R', echo=TRUE)
  source('/home/workspace/TestR/exportFile.R', echo=TRUE)
  source('/home/workspace/TestR/readRecalibratedSpectra.R', echo=TRUE)

  spectralDataObjects <- importAnalyzeFormat(FILE_PATH)

  p <- detectPeaks(spectralDataObjects, method="MAD", halfWindowSize=1, SNR=1)

  # Assign the p to preprocessedDataObjects
  preprocessedDataObjects<-p

  dir.create("PreprocessedSpectra", showWarnings = FALSE)
  setwd("PreprocessedSpectra")

  for(i in 1:length(preprocessedDataObjects))
  {
     coordinateValue<-metaData(preprocessedDataObjects[[i]])
     coordinates<-coordinateValue$imaging$pos 
     mzValues<-mass(preprocessedDataObjects[[i]])
     intensityValues<-intensity(preprocessedDataObjects[[i]])
     exportFile(coordinates,mzValues,intensityValues)
  }

  print("Files exported. Program will now terminate")
  print("############################################################")

  return(preprocessedDataObjects)
}

誰か助けてくれませんか?

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