データのヒートマップに heatmap.2 を使用しています。私のデータは、70 から 100 までの数値 (サンプル間の類似性を表す) の行列で構成されており、グラデーション カラーのないクリアカット バリアを定義したいと考えています。
library(gplots)
library(RColorBrewer)
#defining my colors
mypal <- brewer.pal(n = 6, name = "Spectral")
#defining the breaks as per ?heatmap.2
breaks <- c(0,75.0,78.5,82.0,86.5,94.5,100)
heatmap.2(m,
Rowv=TRUE,
Colv="Rowv",
density.info="histogram",
trace="none",
labCol=FALSE,
labRow=FALSE,
key.title=NA,
key.ylab=NA,
keysize=2,
col=mypal,
breaks=breaks,
dendrogram="row")
私は 3 つの異なる入力行列でそれを行いましたが、そのたびにブレークの 1 つが省略されています。理由がわかりません。ここに画像があります：
http://s29.postimg.org/j3561w3uv/Keys.png
6 つのクラスに対して 6 つの色を定義していますが、1 つが無視されます。最初の 3 つの切れ目は同じサイズのように見えます (同じであってはなりません)。また、ヒストグラムはキー チャートのカラー ブレークに従わず、x 軸のスケーリングは常に異なります。
どこで失敗しますか？
ありがとうございました！
これは、私のデータから取得したランダムな部分行列です。
structure(c(100, 96.7, 95.8, 94.8, 95.9, 94.3, 93.6, 94, 93.1,
91.9, 93.7, 91.8, 92, 91, 96.7, 100, 97.3, 95.6, 97.7, 95, 93.4,
94.2, 93.3, 92.5, 93.2, 91.3, 92.3, 91.3, 95.8, 97.3, 100, 95.2,
97, 94, 92, 92.6, 91.7, 90.8, 93, 91.2, 91.8, 91.3, 94.8, 95.6,
95.2, 100, 95.9, 95, 91.5, 92.2, 91.8, 90.9, 93.9, 92.3, 93.4,
92.7, 95.9, 97.7, 97, 95.9, 100, 95.4, 92.6, 93.7, 92.1, 92.1,
92.8, 91.1, 91.8, 91.4, 94.3, 95, 94, 95, 95.4, 100, 91.4, 92.2,
92.1, 91.3, 92.9, 91.2, 92.1, 91.5, 93.6, 93.4, 92, 91.5, 92.6,
91.4, 100, 97.1, 95.8, 94.5, 90.8, 89.3, 90.5, 90.7, 94, 94.2,
92.6, 92.2, 93.7, 92.2, 97.1, 100, 96, 94.3, 91.9, 90.6, 91.7,
92.2, 93.1, 93.3, 91.7, 91.8, 92.1, 92.1, 95.8, 96, 100, 94.8,
91.5, 91.1, 90.7, 90.9, 91.9, 92.5, 90.8, 90.9, 92.1, 91.3, 94.5,
94.3, 94.8, 100, 89.4, 88.7, 89.9, 90.3, 93.7, 93.2, 93, 93.9,
92.8, 92.9, 90.8, 91.9, 91.5, 89.4, 100, 95, 94, 93.4, 91.8,
91.3, 91.2, 92.3, 91.1, 91.2, 89.3, 90.6, 91.1, 88.7, 95, 100,
92.2, 92.6, 92, 92.3, 91.8, 93.4, 91.8, 92.1, 90.5, 91.7, 90.7,
89.9, 94, 92.2, 100, 93.2, 91, 91.3, 91.3, 92.7, 91.4, 91.5,
90.7, 92.2, 90.9, 90.3, 93.4, 92.6, 93.2, 100), .Dim = c(14L,
14L), .Dimnames = list(c("A", "B", "C", "D", "E", "F", "G", "H",
"I", "J", "K", "L", "M", "N"), (c("A", "B", "C", "D", "E", "F", "G", "H",
"I", "J", "K", "L", "M", "N")))
このことから判断すると、データが特定の量のしきい値を超えて存在する場合、鍵はブレークを表しているだけのようです。新しい任意の休憩で試しました：
breaks2 <- c(0,89.0,91.5,93.0,95.5,97.5,100)
png("test.png", height=1000, width=1000, res = 300, pointsize = 8)
heatmap.2(mat_data_test,
main = "SG3",
Rowv=TRUE,
Colv="Rowv",
density.info="density",
trace="none",
labCol=FALSE,
labRow=FALSE,
key.title=NA,
key.ylab=NA,
keysize=2,
col=mypal,
breaks=breaks2,
dendrogram="row")
dev.off()
繰り返しますが、いくつかの休憩は無視されます。ご協力いただきありがとうございます！