大腸菌のコア代謝のマップを描く必要があります。マップ内の各反応に関連して、この反応によるフラックスを示す数字があります。マップ内の各反応の色を通して、これらのフラックスをマップに反映させたいと思います。
Mathematica や Cytoscape などのツールを使用してみましたが、代謝ネットワークの適切なレイアウトを取得するのは非常に困難です。紙の上では非常によく見える大腸菌の代謝マップを見たことがあります。私が必要としているのは、このようなマップですが、反応の色を定義できる場所です。
metdraw.com など、利用可能なツールがいくつかあります。しかし、E.coli SBML モデルをアップロードすると、プロット レイアウトがひどいものになります。以前は、反応フラックスを入力するだけで、事前に構築されたモデルに使用できる Web IPython ノートブックがありました。しかし、今はなくなっています: http://nbviewer.ipython.org/github/opencobra/cobrapy/blob/master/documentation_builder/visbio.ipynb
例については、下の画像を参照してください。コンパートメントを区切る黄色のバウンディング ボックスは忘れてください。私はそれらを惜しまないことができます。
