Java で表示モードを変更すると、次のようになります。
GraphicsEnvironment gd =
GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment();
GraphicsDevice dev = gd.getDefaultScreenDevice();
int w = 800;
int h = 600;
int depth = dev.getDisplayMode().getBitDepth();
DisplayMode DM = new DisplayMode(w,h,depth,
DisplayMode.REFRESH_RATE_UNKNOWN);
dev.setDisplayMode(DM);
ここで行った変更は、アプリケーションが終了した後も残りますか、それともリセットされますか? 深さ/解像度を間違って設定するなど、タイプミスをした可能性があるため、これは疑問に思います。