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位置固有のスコア行列を表す辞書をランダム化するPython関数があります。例えば：

mat = {
       'A' : [ 0.53, 0.66, 0.67, 0.05, 0.01, 0.86, 0.03, 0.97, 0.33, 0.41, 0.26 ]
       'C' : [ 0.14, 0.04, 0.13, 0.92, 0.99, 0.04, 0.94, 0.00, 0.07, 0.23, 0.35 ]
       'T' : [ 0.25, 0.07, 0.01, 0.01, 0.00, 0.04, 0.00, 0.03, 0.06, 0.12, 0.14 ]
       'G' : [ 0.08, 0.23, 0.20, 0.02, 0.00, 0.06, 0.04, 0.00, 0.54, 0.24, 0.25 ]
      }

詐欺機能：

def scramble_matrix(matrix, iterations):
    mat_len = len(matrix["A"])
    pos1 = pos2 = 0
    for count in range(iterations):
       pos1,pos2 = random.sample(range(mat_len), 2)
       #suffle the matrix:
       for nuc in matrix.keys():
          matrix[nuc][pos1],matrix[nuc][pos2] = matrix[nuc][pos2],matrix[nuc][pos1]
    return matrix

def print_matrix(matrix):
for nuc in matrix.keys():
   print nuc+"[",
   for count in matrix[nuc]:
       print "%.2f"%count,
   print "]"

ここで問題が発生します...行列を直接スクランブリングしようとすると、正常に機能します。

print_matrix(mat)
print ""
print_matrix(scramble_matrix(mat,10))

与える：

A[ 0.53 0.66 0.67 0.05 0.01 0.86 0.03 0.97 0.33 0.41 0.26 ] 
C[ 0.14 0.04 0.13 0.92 0.99 0.04 0.94 0.00 0.07 0.23 0.35 ] 
T[ 0.25 0.07 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.12 0.14 ] 
G[ 0.08 0.23 0.20 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.54 0.24 0.25 ]

A[ 0.41 0.97 0.03 0.86 0.53 0.66 0.33.05 0.67 0.26 0.01 ] 
C[ 0.23 0.00 0.94 0.04 0.14 0.04 0.07 0.92 0.13 0.35 0.99 ] 
T[ 0.12 0.03 0.00 0.04 0.25 0.07 0.06 0.01 0.01 0.14 0.00 ] 
G[ 0.24 0.00 0.04 0.06 0.08 0.23 0.54 0.02 0.20 0.25 0.00 ]

しかし、このスクランブリングをリストに割り当てようとすると、機能しません!!! ..。

print_matrix(mat)
s=[]
for x in range(3):
     s.append(scramble_matrix(mat,10))  
for matrix in s:
     print ""
     print_matrix(matrix)

結果：

A[ 0.53 0.66 0.67 0.05 0.01 0.86 0.03 0.97 0.33 0.41 0.26 ]
C[ 0.14 0.04 0.13 0.92 0.99 0.04 0.94 0.00 0.07 0.23 0.35 ]
T[ 0.25 0.07 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.12 0.14 ]
G[ 0.08 0.23 0.20 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.54 0.24 0.25 ]

A[ 0.01 0.66 0.97 0.67 0.03 0.05 0.33 0.53 0.26 0.41 0.86 ]
C[ 0.99 0.04 0.00 0.13 0.94 0.92 0.07 0.14 0.35 0.23 0.04 ]
T[ 0.00 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.25 0.14 0.12 0.04 ]
G[ 0.00 0.23 0.00 0.20 0.04 0.02 0.54 0.08 0.25 0.24 0.06 ]

A[ 0.01 0.66 0.97 0.67 0.03 0.05 0.33 0.53 0.26 0.41 0.86 ]
C[ 0.99 0.04 0.00 0.13 0.94 0.92 0.07 0.14 0.35 0.23 0.04 ]
T[ 0.00 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.25 0.14 0.12 0.04 ]
G[ 0.00 0.23 0.00 0.20 0.04 0.02 0.54 0.08 0.25 0.24 0.06 ]

A[ 0.01 0.66 0.97 0.67 0.03 0.05 0.33 0.53 0.26 0.41 0.86 ]
C[ 0.99 0.04 0.00 0.13 0.94 0.92 0.07 0.14 0.35 0.23 0.04 ]
T[ 0.00 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.25 0.14 0.12 0.04 ]
G[ 0.00 0.23 0.00 0.20 0.04 0.02 0.54 0.08 0.25 0.24 0.06 ]

何が問題ですか？？？ 初めてスクランブリングが機能せず、すべてのリストが同じマトリックスで埋められているのはなぜですか？！

4

2 に答える 2

4

あなたのスクランブリング関数は既存のマトリックスを変更していますが、新しいマトリックスを作成していません。

マトリックスを作成し、それをスクランブルして、リストに追加します。次に、もう一度スクランブルしてリストに追加します。リストの両方の要素に、2 回スクランブルされた同じ行列オブジェクトが含まれるようになりました。

于 2010-04-12T13:45:38.353 に答える
3

同じ行列をその場で 3 回シャッフルしています。しかし、元の行列の 3 つのコピーをシャッフルしたいとします。したがって、次のことを行う必要があります。

from copy import deepcopy

print_matrix(mat)
s=[]
for x in range(3):
     s.append(scramble_matrix(deepcopy(mat),10))  # note the deepcopy()
for matrix in s:
     print ""
     print_matrix(matrix)
于 2010-04-12T13:46:40.303 に答える