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私は qgraph パ​​ッケージに出くわしました。美しく有益なプロットがたくさんあるので、とても感謝しています。私は現在、2 つの時点で 15 の細菌種で測定された 755 の代謝産物のより大きなデータベースで作業していますが、10 の評判ポイントがないため、ここに添付できない巨大なプロットがあります。

代謝物が互いにどのように相関しているかを確認したいのですが、重要な相関関係のみを確認したいと考えています。したがって、私は Sacha Epskam が親切にも彼の Web サイトで提供しているコードを使用しました。

  oralnet<-read.csv2('net24h.csv',dec='.')##file with the 755 metabolites
  oralnet2<-oralnet[,2:756]##remove the first column with name of bacteria 
  namesnet<-read.csv2('netID.csv',dec='.') #file with the names of the bacteria
  nameschars <- as.character(t(namesnet)[2:nrow(t(namesnet)),])
  uniquechars <- unique(as.character(t(namesnet)[2:nrow(t(namesnet)),]))
  nameslist<-list("Carbon"  =which(nameschars==uniquechars[1]),
            "Nitrogen"=which(nameschars==uniquechars[2]),
            "PS"=which(nameschars==uniquechars[3]),
            "Nutrient"=which(nameschars==uniquechars[4]),
            "Peptide"=which(nameschars==uniquechars[5]))

  rownames(oralnet2)<-c("Aa","Fn","Pg","Pi","Tf","Smut","Ssob","An","Csput","Sgord",
  "Avisc","Ssal","Ssang","Vparv","Smitis")

  qgraph(cor(oralnet2, use="pairwise"),minimum=0.25,groups=nameslist,
  legend=TRUE,borders=FALSE,label.cex=0.4, labels=names(oralnet2),
  layout="spring",line = 2.5,legend.cex=0.5,label.scale=FALSE,
  graph="sig2",alpha=cc(0.0001,0.001))

前述したように、多くの相関関係があり、いくつかのノードを削除したいと考えています。qgraph ではノードを削除できないことを知っているため、プロットの視覚化を改善する方法があるかどうか疑問に思っていました。どんな提案でも本当に感謝します!! 繰り返しになりますが、お時間を割いてご検討いただきありがとうございます。

幸運をお祈りしています、

エマ

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