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各リポジトリに移動してconfの値を直接編集する代わりに、gitosis confを介してリポジトリ構成変数を設定する方法はありますか?
ありえないと思います。一方、gitosis.conf を分析して、conf 値をエンコードする特別なコメントを見つける「磁器」スクリプトを作成するのは非常に簡単です。次に、そのようなスクリプトをコミット後のフックに入れると、うまくいくはずです。