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andライブラリのPhylo.draw_graphvizメソッドを使用して系統樹を作成しようとしています。私はドキュメントを読み、Windows用と同様にインストールしました。次に、 Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packagesからインストールしました。Biopython wikiにある次のコードに従いました。BioPythonPyGraphviznetworkxmatplotlibGraphviz 2.38PyGraphviz

from Bio import Phylo
import pylab

tree = Phylo.read('allseqs.dnd', 'newick')
Phylo.draw_graphviz(tree)
pylab.show()

しかし、私はこのエラーに遭遇し続けます:

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\GAMER\Desktop\Methybase\Data\Helicobacter  pylori  F16\graphtezt.py", line 5, in <module>
    Phylo.draw_graphviz(tree)
  File "c:\users\gamer\desktop\padai\coding\user\lib\site-packages\Bio\Phylo\_utils.py", line 155, in draw_graphviz
    raise MissingPythonDependencyError(
UnboundLocalError: local variable 'MissingPythonDependencyError' referenced before assignment

ソースコードはこちらから入手できます。トレースバックが示唆するように行を確認155しましたが、これはそれが言っていることです:

raise MissingPythonDependencyError( 
                 "Install PyGraphviz or pydot if you want to use draw_graphviz.")

どんな解決策も大歓迎です

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そのリンクのコードを見ると、重要な行が欠落しているようです。これはfrom Bio import MissingPythonDependencyError、行 154 と行 155 の間でインデントされて表示されるはずです。問題は、関数が呼び出される前にインポートされていないことです。モジュール networkx が欠落している場合、関数は 134 行でのみインポートされるためです。

于 2014-10-15T20:23:13.837 に答える