1 つの時間依存共変量 X1 を含む拡張 Cox モデルを R でセットアップしました (X2-X7 は時間に依存しません)。
coxph(Surv(start, stop, status) ~ X1 + X2 + ... + X7, data = data).
この時間依存の変数をモデルに含めるために、元の約 1500 の観測を約 2500 行に拡張する「(開始、停止) スタイル」でデータセットを作成しました。
subjid start stop status X1 X2 X3 X4 X5 X6 X7
1 0.000000 15.572895 1 0 Y Y Y Y 1 10
2 0.000000 4.501027 1 0 Y Y Y Y 1 15
3 0.000000 13.930185 0 0 Y Y N N 1 30
3 13.930185 17.117043 0 1 Y Y N N 1 12
3 17.117043 34.036961 0 0 Y Y N N 1 7
4 0.000000 26.381930 1 0 Y Y Y Y 0 3
5 0.000000 5.880903 0 0 Y N N N 1 22
5 5.880903 9.067762 0 1 Y N N N 1 1
5 9.067762 12.188912 1 0 Y N N N 1 11
6 0.000000 16.164271 1 0 Y N N Y 1 12
最大 1300 の観測に対して、コードは適切に実行されます (ただし、1000 を超える観測を含めるとかなり時間がかかります)。さらに観測を含めると、ソフトウェア R が応答しなくなります (プログラムが結果を返すまで約 5 時間待っていましたが、フリーズしたままでした)。これは、R coxph ヘルプ Web サイトの「関係」の下のステートメント ( http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/survival/html/coxph.html ) と一致しています。ただし、サンプル サイズ (つまり、データ セット) を減らすことができないため、このコードをより速く実行する方法について他の提案を探しています。
ありがとう、エリー