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関連する遺伝子の DNA 配列を (最終的に) 検索するために、pubmed データベースの検索で遺伝子シンボル (以下では t という名前) のリストを使用したいと考えています。検索を人間のみに制限したいのですが、現在のコードでは人間以外の生物が表示されます。

from Bio import Entrez
Entrez.email = '...'           #my email: always tell Entrez who you are

t = ['FOXO3']
for i in range(len(t)):
    search = 'human[orgn]'+t[i]
    handle = Entrez.esearch(db='gene',term=search)
    record = Entrez.read(handle)
    t = record[u'IdList']
    handle = Entrez.efetch('nucleotide',id=t[0],rettype='gb',retmode='text')
    print handle.read()

誰かが私が間違っているところを見ることができますか?

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あなたはデータベースを台無しにしています。esearch では を使用しますdb=geneが、efetch では に変更しdb=nucleotideます。それらは異なるものです：

于 2014-10-28T14:28:27.450 に答える