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ハイパーキューブ グループ (クイックソート プロジェクト) に属するプロセス間で値を分散しようとしています。プロセスの量に応じて、過剰なプロセスを除外して新しいコミュニケーターを作成するか、任意のハイパーキューブ (2 の累乗) に正確に適合する場合は MPI_COMM_WORLD を複製します。

どちらの場合も、0 以外のプロセスはデータを受け取りますが、 - 最初のシナリオでは、プロセス 0 がセグメンテーション エラー 11 をスローします。

注: 通常の MPI_Scatter を試してみると、すべてうまくいきます。

//Input
vector<int> LoadFromFile();

int d;                      //dimension of hypercube
int p;                      //active processes
int idle;                   //idle processes 
vector<int> values;         //values loaded
int arraySize;              //number of total values to distribute

int main(int argc, char* argv[])
{       
int mpiWorldRank;
int mpiWorldSize;

int mpiRank; 
int mpiSize;

MPI_Init(&argc, &argv);

MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &mpiWorldRank);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &mpiWorldSize);
MPI_Comm MPI_COMM_HYPERCUBE;

d = log2(mpiWorldSize);     
p = pow(2, d);                  //Number of processes belonging to the hypercube
idle = mpiWorldSize - p;        //number of processes in excess
int toExclude[idle];            //array of idle processes to exclude from communicator
int sendCounts[p];              //array of values sizes to be sent to processes

//
int i = 0;
while (i < idle)
{
    toExclude[i] = mpiWorldSize - 1 - i;
    ++i;
}

//CREATING HYPERCUBE GROUP: Group of size of power of 2 -----------------
MPI_Group world_group;
MPI_Comm_group(MPI_COMM_WORLD, &world_group);

// Remove excessive processors if any from communicator
if (idle > 0)
{
    MPI_Group newGroup;     
    MPI_Group_excl(world_group, 1, toExclude, &newGroup);
    MPI_Comm_create(MPI_COMM_WORLD, newGroup, &MPI_COMM_HYPERCUBE);
    //Abort any processor not part of the hypercube.    
    if (mpiWorldRank > p)
    {
        cout << "aborting: " << mpiWorldRank <<endl;
        MPI_Finalize();
        return 0;
    }   
}   
else 
{
    MPI_Comm_dup(MPI_COMM_WORLD, &MPI_COMM_HYPERCUBE);
}

MPI_Comm_rank(MPI_COMM_HYPERCUBE, &mpiRank);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_HYPERCUBE, &mpiSize);
//END OF: CREATING HYPERCUBE GROUP --------------------------

if (mpiRank == 0)
{
    //STEP1: Read input
    values = LoadFromFile();
    arraySize = values.size();
}

//Transforming input vector into an array
int valuesArray[values.size()];
if(mpiRank == 0)
{
    copy(values.begin(), values.end(), valuesArray);
}

//Broadcast input size to all processes
MPI_Bcast(&arraySize, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_HYPERCUBE);

//MPI_Scatterv: determining size of arrays to be received and displacement
int nmin = arraySize / p;
int remainingData = arraySize % p;
int displs[p];
int recvCount;

int k = 0;
for (i=0; i<p; i++)
{
    sendCounts[i] = i < remainingData
        ? nmin+1
        : nmin;
    displs[i] = k;
    k += sendCounts[i];
}

recvCount = sendCounts[mpiRank];
int recvValues[recvCount];

//Following MPI_Scatter works well:     
// MPI_Scatter(&valuesArray, 13, MPI_INT, recvValues , 13, MPI_INT, 0, MPI_COMM_HYPERCUBE);

MPI_Scatterv(&valuesArray, sendCounts, displs, MPI_INT, recvValues , recvCount, MPI_INT, 0, MPI_COMM_HYPERCUBE);

int j = 0;
while (j < recvCount)
{
    cout << "rank " << mpiRank << " received: " << recvValues[j] << endl;
    ++j;
}   

MPI_Finalize();
return 0;
}
4

1 に答える 1

1

まず第一に、あなたは間違った引数を に供給していますMPI_Group_excl:

MPI_Group_excl(world_group, 1, toExclude, &newGroup);
//                          ^

2 番目の引数は、除外リスト内のエントリ数を指定するため、 と等しい必要がありますidle。単一のランクのみを除外しているため、結果のグループにはmpiWorldSize-1ランクがあり、したがってと の両方がその数の要素を持つことがMPI_Scatterv期待されます。これらの要素のみが適切に初期化され、残りはランダムであるため、ルートでクラッシュします。sendCounts[]displs[]pMPI_Scatterv

もう 1 つのエラーは、アイドル プロセスを中止するコードですif (mpiWorldRank >= p)。

MPI_Comm_split代わりに、除外コード全体を単一の呼び出しに置き換えることをお勧めします。

MPI_Comm comm_hypercube;
int colour = mpiWorldRank >= p ? MPI_UNDEFINED : 0;

MPI_Comm_split(MPI_COMM_WORLD, colour, mpiWorldRank, &comm_hypercube);
if (comm_hypercube == MPI_COMM_NULL)
{
   MPI_Finalize();
   return 0;
}

プロセスMPI_UNDEFINEDがその色を提供しない場合、呼び出しは と同等MPI_Comm_dupです。

MPI_MPI 実装のシンボルと衝突する可能性があるため、 で始まるコード名で を使用することは避ける必要があることに注意してください。

追加の注意:std::vector<T>連続したストレージを使用するため、要素を通常の配列にコピーせずに、次の呼び出しで最初の要素のアドレスを指定するだけで済みますMPI_Scatter(v)。

MPI_Scatterv(&values[0], ...);
于 2014-10-30T13:49:51.810 に答える