ファイルのアクセス許可は、ファイルを配置しているプロセスから取得されます。FTP サーバーがパーミッションを変更し続ける場合、何らかのプロセス (CI サーバー、dreamweaver の更新など) が FTP 経由でファイルをサーバーにコピーしている可能性があります。ですので、まずはそうなるかどうかをチェックしていきます。通常、 FTP サーバーはファイルのアクセス許可を独自に変更しません。ただし、パーミッション付きのディレクトリにファイルをコピーします。通常は、パーミッションを実行するユーザーから継承されます。
あなたの質問から、開発の一環として、FTP エディター (Eclipse、ホームサイト、DW) を介してファイルを直接編集していると思われます。そのため、CF は管理者を介してファイルをアップロードして解凍し、それを編集して開発またはデバッグしますが、FTPユーザーはファイルを 644 パーミッションで配置します。FTP サーバーのユーザーまたは設定を変更すると、この問題を解決できます。
問題が CF である場合、考え方は同じです。CF (Railo/Tomcat) を実行しているユーザーは、ディスクに配置するファイルへのアクセス許可を継承します。
もちろん、これらのファイルを変更している別の悪意 - ある種のセキュリティ - が存在する可能性があります。
コードを本番サーバーにデプロイするまでには、おそらくサーバー上でコードを編集するべきではないことを付け加えておきます。とは言っても、デバッグには調査が必要な場合があり、緊急にそのような編集が必要になる場合があります。ただし、進行中の開発または開発の一環としてのデバッグは、ローカル環境で行う必要があります。実稼働サーバーに到達するまでに、編集を必要としないほど十分に精査されている必要があります。それが私の見解です - 私は一時しのぎや短期的な手段として、過去に本番環境で編集の分担を行ったことがありますが、あなたを非難するつもりはありません :)