それがiPad専用であれば、はい、それを選びましょう。
HTML5 ビデオの主な問題は、使用する形式について合意がないことです。現時点では、H.264 をサポートするブラウザー、Ogg Theora をサポートするブラウザー、両方をサポートするブラウザーがあります。もちろん、IE 8 以前 (および他のブラウザーの古いバージョン) はどちらもサポートしていません。詳細については、ウィキペディアを参照してください。
質問の編集に照らして編集します。これは、スティーブ・ジョブズが最近投稿した「Thoughts on Flash」からの引用です。
...このビデオのほとんどは、より最新の H.264 形式でも利用でき、iPhone、iPod、iPad で表示できます。YouTubeは、Web のビデオの推定 40% を占めており、すべての Apple モバイル デバイスにバンドルされているアプリで際立っています。iPad は、おそらくこれまでで最高の YouTube の発見と視聴体験を提供します。Vimeo、Netflix、Facebook、
ABC、CBS、CNN、MSNBC、Fox News、ESPN、
NPR、Time、The New York Times、The Wall Street Journalからこのビデオに追加します。Sports Illustrated、People、National Geographic、その他多数。iPhone、iPod、iPad のユーザーは、多くのビデオを見逃すことはありません。
HTML5 ビデオを使用するビデオ プロバイダーのリスト (この H.264 ビデオはそのように配信されるため) を考えると、問題ないと思います。
Apple には、「iPad 対応」の注目度の高いサイトのリストがあります。これらのサイトのほとんどは HTML5 ビデオを使用しています (少なくとも iPad が検出された場合)。留意すべきもう 1 つの点は、マルチタッチ デバイスとマウスではナビゲーションが異なる可能性があるということです。