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ggvis を使用して ggplot2 プロットを再現しようとしています。プロットは、点の座標 (コレスポンデンス分析から) をそれらのクラスター (hclust) 標準分散楕円と共に表すことを目的としています。

TL; DR

複数のデータセットに基づく複数のレイヤーで ggvis プロットを作成したいと思います。したがって、機能/パイプのアプローチでは、レイヤーの 1 つをグループ化し、他のレイヤーをグループ化することはできません。

（簡単にコメントされた）コード全体があります：https://gist.github.com/RCura/a135446cda079f4fbc10

データを作成するコードは次のとおりです。

 a <- rnorm(n = 100, mean = 50, sd = 5)

 b <- rnorm(n = 100, mean = 50, sd = 5)

 c <- rnorm(n = 100, mean = 50, sd = 5)

 mydf <- data.frame(A = a, B = b, C = c, row.names = c(1:100))

 library(ade4)

 myCA <- dudi.coa(df = mydf,scannf = FALSE,  nf = 2)

 myDist <- dist.dudi(myCA, amongrow = TRUE)

 myClust <- hclust(d = myDist, method = "ward.D2")

 myClusters <- cutree(tree = myClust, k = 3)

 myCAdata <- data.frame(Axis1 = myCA$li$Axis1, Axis2 = myCA$li$Axis2, Cluster = as.factor(myClusters))

 library(ellipse) # Compute Standard Deviation Ellipse

 df_ellipse <- data.frame()

 for(g in levels(myCAdata$Cluster)){
   df_ellipse <- rbind(df_ellipse,
                 cbind(as.data.frame(
                 with(myCAdata[myCAdata$Cluster==g,],
                 ellipse(cor(Axis1, Axis2),
                 level=0.7,
                 scale=c(sd(Axis1),sd(Axis2)),
                 centre=c(mean(Axis1),mean(Axis2))))),
                 Cluster=g))
 }

これをggplot2でプロットできます：

library(ggplot2)

myPlot <- ggplot(data=myCAdata, aes(x=Axis1, y=Axis2,colour=Cluster)) +
  geom_point(size=1.5, alpha=.6) +
  geom_vline(xintercept = 0, colour="black",alpha = 0.5, linetype = "longdash" ) +
  geom_hline(xintercept = 0, colour="black", alpha = 0.5, linetype = "longdash" ) +
  geom_path(data=df_ellipse, aes(x=x, y=y,colour=Cluster), size=0.5, linetype=1)
myPlot

ここに画像の説明を入力

しかし、ggvis を使用してこれをプロットする方法が見つかりません。

2 つの異なるレイヤーをプロットできます。

library(ggvis)

all_values <- function(x) { paste0(names(x), ": ", format(x), collapse = "<br />")}

 ggDF <- myCAdata

 ggDF$name <- row.names(ggDF)

## Coordinates plot
myCoordPlot <- ggvis(x = ~Axis1, y = ~Axis2, key := ~name, data = ggDF) %>%

  layer_points(size := 15, fill= ~Cluster, data = ggDF) %>%

  add_tooltip(all_values, "hover")

 myCoordPlot

ここに画像の説明を入力

楕円プロット (ツールチップは要求されません)

 myEllPlot <- ggvis(data = df_ellipse, x = ~x,  y = ~ y) %>%

  group_by(Cluster) %>%

  layer_paths(x= ~x, y= ~y, stroke = ~Cluster, strokeWidth := 1)

 myEllPlot

ここに画像の説明を入力

しかし、同じプロットに2つのレイヤーをプロットしたい場合:

 myFullPlot <- ggvis(data = df_ellipse, x = ~x,  y = ~ y) %>%

 layer_paths(x= ~x, y= ~y, stroke = ~Cluster, strokeWidth := 1) %>%

 layer_points(x = ~Axis1, y= ~Axis2, size := 15, fill= ~Cluster, data = ggDF) %>%

 add_tooltip(all_values, "hover")

 myFullPlot

ここに画像の説明を入力

楕円はグループ化されていないため、色が合わず、楕円が分離されていません。楕円をグループ化しようとしてもうまくいきません。

これを機能させる方法はありますか？そして、この非常に長い投稿で申し訳ありませんが、私はこれを何時間も機能させようとしてきました:/

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Cluster問題は、2 つを結合しようとすると、省略記号データセットでgroup_by しないことです。機能させるには、次のことを行う必要があります。

myFullPlot <- ggvis(data = df_ellipse, x = ~x, y = ~ y) %>% group_by(Cluster) %>%

  layer_paths(stroke = ~Cluster, strokeWidth := 1) %>%

  layer_points(x = ~Axis1, y= ~Axis2, size := 15, fill= ~Cluster, data = ggDF)

myFullPlot

ここに画像の説明を入力

このようにして、目的のグラフを取得できます。

PS 私はあなたのものとは異なるデータ セットを取得したため、データ作成にランダム性があると思います。

于 2014-12-27T13:02:12.977 に答える