r - 陰影付きグラフ/ネットワーク プロット?

Question

非常に大規模で高密度のネットワークをプロットしようとしています ( dput here )。最終的には、ドットが重なり合っているだけで、ネットワークの構造や密度を実際に把握することはできません。

library(sna)
plot(data, mode = "fruchtermanreingold")

ただし、フェードを利用してポイントが重なる程度を視覚化するプロットを見たことがあります。

グラフのプロットでこの「フェージング」を実装するにはどうすればよいですか?

Answer 1

1 つの方法を次に示します。

library(sna)
library(network)

source("modifieddatafromgist.R")

plot.network(data, 
             vertex.col="#FF000020", 
             vertex.border="#FF000020", 
             edge.col="#FFFFFF")

まず、data <-ソースを取得できるように、要点に a を追加しました。

library次に、オブジェクト クラスが正しく割り当てられ、適切なplot関数が使用されるように、適切な呼び出しを行う必要があります。

fruchtermanreingold3 番目に、レイアウト用の追加パラメーター( のデフォルトのパラメーターplot.network) を使用して、領域を拡大し、反復回数を増やす必要があります。

set.seed第 4 に、出力例を再現できるように、プロットの前にa を実行する必要があります。

第 5 に、意図的にクラフトを削除してポイントのオーバーラップを確認できるようにしましたが、必要な結果を得るために、エッジと頂点の両方のアルファを変更できます (エッジの幅も変更する必要があります)。

これらのオプションの構成を支援するためのヘルプがたくさんあり?plot.networkます。