Cramtools を使用して bam ファイルを圧縮していますが、期待した結果が得られません。
可逆圧縮を試してみると
java -jar cramtools.jar cram -I file.bam -O file.cram -R genome.fa --capture-all-tags --lossless-quality-score
ファイルをクラムに変換します。ただし、bam ファイルを解凍すると、劇的に変化します。読み取りは変更されますが、品質スコアは変更されません。通常、解凍された bam ファイルは、ヘッダーが追加されていても、元のファイルよりも小さくなります。後でこのファイルを圧縮および解凍すると、最初のようにまったく変更されません。
誰かがクラムツールの適切な使い方を説明してくれませんか? またはこれは期待される出力ですか？