自然な理由から、すべてが Settings.bundle 値から情報を取得するように配線されているようです。
しかし、サンプル epp の「アプリケーション情報」を見ると、バージョンが「1.0」にハードコードされています。現在使用している設定画面（自家製）で、動的に取得して表示します。そこに表示されているものをオーバーライドする方法はありませんか。
そのセルのメイン バンドルの CFBundleShortVersionString からフェッチするメソッドを記述できるように、「セル指定子の動的な値」またはオーバーライドできるもので素晴らしいでしょう。サーバーとの間で取得および書き込みする動的な複数選択値が必要な他のユースケースがありますが、この API で動作させることができるかどうかはわかりません。