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以前は SLURM スケジューラを使用してクラスターを操作していましたが、今では多かれ少なかれ SGE ベースのクラスターに切り替える必要があり、コツをつかもうとしています。私が SLURM システムで作業していたのは、N 個の入力ファイルを使用して実行可能ファイルを実行し、この方法で SLURM 構成ファイルを設定することでした。

slurmConf.conf SLURM configuration file
    0   /path/to/exec /path/to/input1
    1   /path/to/exec /path/to/input2
    2   /path/to/exec /path/to/input3
    3   /path/to/exec /path/to/input4
    4   /path/to/exec /path/to/input5
    5   /path/to/exec /path/to/input6
    6   /path/to/exec /path/to/input7
    7   /path/to/exec /path/to/input8
    8   /path/to/exec /path/to/input9
    9   /path/to/exec /path/to/input10

そして、SLURM で作業中の送信スクリプトには次の行が含まれています。

srun -n $SLURM_NNODES --multi-prog $slconf
$slconf refers to a path to that configuration file

このセットアップは、10 個のノードで同時に 10 個の異なる入力で実行可能ファイルを実行するという、私が望んだとおりに機能しました。SGEシステムに移行したばかりなので、同じことをしたいのですが、マニュアルを読んでみましたが、SLURMとまったく同じものは見つかりませんでした。SGE システムで同じことを達成する方法を教えてください。

どうもありがとうございました！

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Grid Engine の「ジョブ配列」機能を使用できます。

シェルスクリプトを作成するsge_job.sh

#!/bin/sh
#
# sge_job.sh -- SGE job description script
#
#$ -t 1-10
/path/to/exec /path/to/input$SGE_TASK_ID

そして、このスクリプトを SGE に提出してqsubください。

qsub sge_job.sh
于 2015-01-29T08:06:34.653 に答える