これで、すべての php ファイルを 1 つの場所に配置し、次のように include_path を設定することでファイルパスなしでインクルードできるようにする方法があることがわかりました。
php_value include_path .:/pathToPHPFiles
これで、PHP ファイルがこのディレクトリにある限り、同じディレクトリにあるかのように、任意のサブディレクトリからそれらを含めることができます。
.css や .js などの他のファイル タイプにこのようなトリックがあるかどうか疑問に思っているので、それらをすべて 1 つの場所に配置して、ファイルパスを気にせずにページに埋め込むことができますか?