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qsub 呼び出しからいくつかの samtools コマンドを実行しようとしています (クラスターで実行するため)。何らかの理由で、コマンドが認識されないようです。ただし、コマンドをコピーして貼り付け、ターミナル クラスターから直接実行すると、正常に動作します。誰かがそのような問題を経験したことがありますか、または私が間違っていることを知っていますか? ありがとう、

パトリック

私のqsub（これは機能しません）：

#!/bin/bash
#./etc/sysconfig/pssc
#PBS -S /bin/bash
#PBS JOB_NAME="QSH_$(whoami)"
#PBS NODE_NUM="1"
#PBS NODE_PPN="${NODE_NCPUS}"
#PBS HOURS="24"
#PBS MINUTES="00"
#PBS SECONDS="00"
#PBS WALLTIME=${HOURS}:${MINUTES}:${SECONDS}
#PBS RES_LIST="nodes=${NODE_NUM}:ppn=${NODE_PPN}"
#PBS DIR_WORK="${PBS_O_WORKDIR}"
#PBS QUEUE="high"
#PBS cd ${DIR_WORK}
samtools index /data/test.bam /data/test.bai

ターミナルから直接コマンドを実行すると、次のように動作します。

samtools index /data/test.bam /data/test.bai

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作業ディレクトリに移動することを覚えていましたcdか? 私はそれが例えばの変数をqsub展開するとは思わない.$PBS cd ${DIR_WORK}

このスクリプトで試してください：

#!/bin/bash
#./etc/sysconfig/pssc
#PBS JOB_NAME=test
#PBS WALLTIME=24:00:00

cd ${PBS_O_WORKDIR}

echo `pwd`
dir
于 2015-02-16T15:11:42.913 に答える