bash - Bash を使用してテキストまたは Fastq ファイルを手動で編集する

Question

Bash を使用して Fastq ファイルを複数の同様の行に手動で編集したいと思います。

Fastq ファイルでは、シーケンスの読み取りは 2 行目から開始され、4 行ごとに検出されます (つまり、2、6、10、14 行目...)。

シーケンス読み取りの最初の 6 文字が切り取られていることを除いて、Fastq ファイルと同じ編集済みテキストファイルを作成したいと考えています。

編集されていない Fastq:

@M03017:21:000000000
GAGAGATCTCTCTCTCTCTCT
+
111>>B1FDFFF

編集された Fastq:

@M03017:21:000000000
TCTCTCTCTCTCTCT
+
111>>B1FDFFF

score 1 · Accepted Answer

GNU sed はそれを行うことができます：

sed -i~ '2~4s/^.\{6\}//' file

アドレス2~4は「2行目から始めて4行ずつ繰り返す」という意味です。

s置換を意味し、^行頭に.一致し、任意の文字に一致し\{6\}、長さを指定します (「量指定子」)。置換文字列が空です ( //)。

-i~ファイルをその場で置き換え、ファイル名にが~追加されたバックアップを残します。

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