r - R でパッケージを更新する際の問題

Question

昨日すべてのパッケージを更新しましたが、sqldf パッケージで次のようなエラーが発生しています。

sqldf("select * from dt")
        Error in if (.allows_extensions(db)) { : 
        missing value where TRUE/FALSE needed

checkpoint() を使用して、正しく実行されているすべてのパッケージの既存のバージョンにアクセスしようとしましたが、再び失敗しました:

checkpoint("2015-02-25")
       Scanning for loaded pkgs
       Scanning for packages used in this project
       Installing packages used in this project 

        There are binary versions available (and will be installed) but the
        source versions are later:
        Error in data.frame(binary = binvers, source = srcvers, row.names = bins,  : 
         duplicate row.names: downloader, sqldf, survey, plyr, ggplot2,scales, mapproj, RColorBrewer, maptools, raster, rgeos, fields, mgcv, stringr, spatstat, rgdal, RSQLite, MonetDB.R, RCurl, car, tree, ROCR, rattle, rpart, caret, randomForest, RODBC, reshape2, MASS, epiR, faraway, ggmap, maps, xlsx,  pROC, colorspace, quantmod, R2wd, checkpoint

誰かがこの問題を取り除くのを手伝ってくれませんか..