私はリモートマシンで作業しています。からの出力uname -aは次のとおりです。
Linux some-server.some-place.com 2.6.32-431.11.2.el6.x86_64 #1 SMP Tue Mar 25 19:59:55 UTC 2014 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
R パッケージ rgeos に問題があります。簡単な R セッションを次に示します。
> library(rgeos)
rgeos version: 0.3-8, (SVN revision 460)
GEOS runtime version: 3.4.2-CAPI-1.8.2 r3921
Polygon checking: TRUE
> version_GEOS()
[1] "3.4.2-CAPI-1.8.2 r3921"
> example(gDistance)
gDstnc> pt1 = readWKT("POINT(0.5 0.5)")
gDstnc> pt2 = readWKT("POINT(2 2)")
gDstnc> p1 = readWKT("POLYGON((0 0,1 0,1 1,0 1,0 0))")
gDstnc> p2 = readWKT("POLYGON((2 0,3 1,4 0,2 0))")
gDstnc> gDistance(pt1,pt2)
R: GeometryComponentFilter.cpp:34: virtual void geos::geom::GeometryComponentFilter::filter_ro(const geos::geom::Geometry*): Assertion `0' failed.
Process R exited abnormally with code 255 at Fri Feb 27 20:41:41 2015
これを修正するにはどうすればよいですか?
グーグルでhttp://r-sig-geo.2731867.n2.nabble.com/gDistance-problem-on-RHEL-6-64-bit-td7587736.htmlにたどり着きました。running を含むいくつかの推奨事項を試しR -d gdbましたが、基本的に同じ出力が得られました。
> p1 = readWKT("POLYGON((0 0,1 0,1 1,0 1,0 0))")
> p2 = readWKT("POLYGON((2 0,3 1,4 0,2 0))")
> .Call("rgeos_distance", rgeos:::.RGEOS_HANDLE, p2, p1, c(FALSE, FALSE),
+
PACKAGE = "rgeos")
+ R: GeometryComponentFilter.cpp:34: virtual void geos::geom::GeometryComponentFilter::filter_ro(const geos::geom::Geometry*): Assertion `0' failed.
Program received signal SIGABRT, Aborted.
0x0000003b19c32925 in raise () from /lib64/libc.so.6
(gdb)
助言がありますか？
編集：詳細：
からの出力lsb_release -a:
LSB Version: :base-4.0-amd64:base-4.0-noarch:core-4.0-amd64:core-4.0-noarch:graphics-4.0-amd64:graphics-4.0-noarch:printing-4.0-amd64:printing-4.0-noarch
Distributor ID: CentOS
Description: CentOS release 6.5 (Final)
Release: 6.5
Codename: Final
からの出力rpm -qa | grep geos:
geos-devel-3.4.2-1.rhel6.x86_64
geos-3.4.2-1.rhel6.x86_64
からの出力rpm -qa | grep gdal:
gdal-java-1.9.2-4.el6.x86_64
gdal-1.9.2-4.el6.x86_64
gdal-python-1.9.2-4.el6.x86_64
gdal-libs-1.9.2-4.el6.x86_64
gdal-devel-1.9.2-4.el6.x86_64
echo からの出力$LD_LIBRARY_PATH:
/opt/tomlab/shared
出力元geos-config:
/usr/bin/geos-config