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適切なフォーラムに来られたことを願っています。私は生態学者で、maxent (バージョン 3.3.3、http: //www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/) dismo パッケージを介して R で機能します。私は引数「replicates = 5」を使用しました。これは、maxent に 5 分割交差検証を行うように指示します。maxent.jar ファイルから直接 maxent を実行すると (maxent ソフトウェア)、予測マップを含む統計を含む html ファイルが作成されます。R では html ファイルも作成されますが、r の dismo パッケージの関数「predict」を使用して、予測マップを後で抽出する必要があります。これを行うと、5 分割交差検証設定により、5 つのマップが得られます。ただし、(これが問題です) 1 つの出力マップ、1 つの「要約」予測マップのみが必要です。maxentがどのように計算するかはわかりませんが、これは可能だと思います。maxent チュートリアル (上記のリンクを参照) には、次のように書かれています。

「...「write output grids」オプションをオフにすることで、ディスク容量の消費を避けることができます。これにより、複製実行の出力グリッドの書き込みが抑制され、要約統計グリッド (avg、stderr など) のみが取得されます。 .)」

R に入れることができる引数のリストは、このフォーラムhttps://groups.google.com/forum/#!topic/maxent/yRBlvZ1_9rQにあります。

maxent 関数自体と predict 関数の両方で引数 "outputgrids=FALSE" を使用しようとしましたが、機能しません。Rでエラーは発生しませんが、まだ5つのマップを取得しています.

私の質問は、相互検証の結果として得られる 5 つの予測マップではなく、1 つの「要約」予測マップを取得するにはどうすればよいですか?

誰かがこれで私を助けてくれることを願っています.私は本当に立ち往生していて、インターネット上のどこにも答えが見つかりません. これについての議論さえありません。私の質問が明確であることを願っています。これは私が使用する R スクリプトです。

model1<-maxent(x=predvars, p=presence_points, a=target_group_absence, path="//home//...//model1", args=c("replicates=5", "outputgrids=FALSE"))

model1map<-predict(model1, predvars, filename="//home//...//model1map.tif", outputgrids=FALSE)

よろしく、 クリスティン

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悪いニュースの担い手になって申し訳ありませんが、ソース コードに基づくと、Dismo の予測機能にはサマリー マップを生成する機能がないようです。

気になる人のための詳細: set を 1 より大きい値に設定して呼び出すmaxentと、関数は通常のオブジェクトではなく、オブジェクトを返します。オブジェクトを受け取ると、そこに含まれるすべてのモデルを繰り返し処理し、それらを個別に呼び出します。replicatesmaxentMaxEntReplicatesMaxEntpredictMaxEntReplicatespredict

それで、次は何ですか？幸いなことに、すべてが失われるわけではありません。Dismo にこの機能がない理由は、ほとんどの種類のモデル構築では、相互検証モデル全体でパラメーターを平均化する有効な方法が実際には存在しないためです。MaxEnt の場合は特にそうだとまでは言いたくありませんが、そうだと思います。そのため、クロス検証は通常、モデルを直接構築する方法としてではなく、モデル構築方法論がデータに対して機能することを確認する方法として使用されます (この質問を参照)その点のさらなる議論のために）。特定の手順を使用して構築されたモデルが、モデル化している現象に対して正確であるように思われることを相互検証によって検証した後、すべてのデータを使用して最終モデルを構築するのが通例です。理論的には、この新しいモデルは、データのサブセットでトレーニングされたモデルよりも優れているはずです。

したがって、基本的に、クロス検証済みのモデルが適切に見えると仮定すると、MaxEnt を 1 回のレプリケートのみで再度実行できます。最終的な結果は、交差検証に基づくモデル精度の推定値と、すべてのデータをまとめた 2 回目の実行に基づくマップになります。質問の正確な内容に応じて、使用したいクロス検証からの他の有用な要約統計があるかもしれませんが、それらはすべて html 出力で既に見たものです。

于 2015-03-06T02:58:03.303 に答える