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NetworkX 1.9.1 を使用しています。

位置で整理する必要があるグラフがあり、graphml 形式にエクスポートします。

この質問でコードを試しました。うまくいきません、これが私の例です

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

G = nx.read_graphml("colored.graphml")

pos=nx.spring_layout(G) # an example of quick positioning
nx.set_node_attributes(G, 'pos', pos)

nx.write_graphml(G, "g.graphml")

nx.draw_networkx(G, pos)
plt.savefig("g.pdf")

これが私が得るエラーです、問題は位置がどのように保存されるかです(graphmlは配列を受け入れません)。

C:\Anaconda\python.exe C:/Users/sturaroa/Documents/PycharmProjects/node_labeling_test.py
Traceback (most recent call last):
  File "C:/Users/sturaroa/Documents/PycharmProjects/node_labeling_test.py", line 11, in <module>
    nx.write_graphml(G, "g.graphml")
  File "<string>", line 2, in write_graphml
  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\networkx\utils\decorators.py", line 220, in _open_file
    result = func(*new_args, **kwargs)
  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\networkx\readwrite\graphml.py", line 82, in write_graphml
    writer.add_graph_element(G)
  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\networkx\readwrite\graphml.py", line 350, in add_graph_element
    self.add_nodes(G,graph_element)
  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\networkx\readwrite\graphml.py", line 307, in add_nodes
    self.add_attributes("node", node_element, data, default)
  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\networkx\readwrite\graphml.py", line 300, in add_attributes
    scope=scope, default=default_value)
  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\networkx\readwrite\graphml.py", line 288, in add_data
    '%s as data values.'%element_type)
networkx.exception.NetworkXError: GraphML writer does not support <type 'numpy.ndarray'> as data values.

位置を x と y の 2 つの個別のノード属性として定義し、それらを個別に保存して、それぞれのキーを次のように graphml 形式で定義する方がよいという印象を受けています。

しかし、私は Python にあまり詳しくないので、混乱を招く前にあなたの意見を聞いてみたいと思います。

ありがとう。

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そうです、GraphML はより単純な属性を必要とします (numpy 配列やリストではありません)。

ノードの x 位置と y 位置を次のような属性として設定できます

G = nx.path_graph(4)
pos = nx.spring_layout(G)

for node,(x,y) in pos.items():
    G.node[node]['x'] = float(x)
    G.node[node]['y'] = float(y)

nx.write_graphml(G, "g.graphml")
于 2015-03-07T14:10:35.917 に答える