わかりました、VS 2008 と SVN があります。「すべてを再構築」すると、一握りの.dllがbinフォルダーから消えます。
これらの .dll はライブラリ フォルダーにあり、そこから参照しています。
アプリを公開しようとすると、公開に失敗しますが、それらは関連していると思います。web.config (何かを変更して保存) を再起動すると、このエラーはなくなります。ただし、発行はまだ失敗します。
フォルダーに移動してsvnを更新すると、もちろんそれらすべてが元に戻りますが、その後、もう一度やり直します。
ありがとうございました。