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ノード位置を含むグラフをgraphml形式で保存しています。

それをロードして、以前と同じ位置にノードを描画したいと思います。graphml ファイルに保存されるデータはプリミティブ型で構成されmathplotlibますが、グラフを描画するために によって使用されるデータはディクショナリ{string: array([x, y]), dtype=float32}であり、arrayおそらくnumpy配列です。

私は NetworkX 1.9.1 を使用しています。これが私のコードです。問題は、面倒な反復が原因である可能性があると思います。さらに、ポジションを描画するために使用される構造をゼロから構築することはできません。

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

#load the graph from the graphml file
def load_graph(file_path):
    G = nx.read_graphml(file_path)
    return G

def show_graph(G):
    #used to create the structure, computation useless
    pos = nx.circular_layout(G)

    print(pos)

    #try to refill the structure (don't produce expected results)
    for (node, node_pos) in pos.items():
        node_pos[0] = G.node[node]['x']
        node_pos[1] = G.node[node]['y']

    #draw the graph
    print(pos)
    plt.clf()
    nx.draw_networkx(G, pos)
    plt.show()

file_path = 'netw_a.graphml'
A = load_graph(file_path)
show_graph(A)

ここにインポート用のテストファイルがあります

<graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.0/graphml.xsd">
  <key attr.name="x" attr.type="double" for="node" id="d2" />
  <key attr.name="y" attr.type="double" for="node" id="d1" />
  <key attr.name="name" attr.type="string" for="graph" id="d0" />
  <graph edgedefault="undirected">
    <data key="d0">path_graph(4)</data>
    <node id="0">
      <data key="d1">0.394087123189</data>
      <data key="d2">0.0</data>
    </node>
    <node id="1">
      <data key="d1">0.743297296307</data>
      <data key="d2">0.402465740641</data>
    </node>
    <node id="2">
      <data key="d1">0.529781867707</data>
      <data key="d2">0.942892202945</data>
    </node>
    <node id="3">
      <data key="d1">0.0</data>
      <data key="d2">1.0</data>
    </node>
    <edge source="0" target="1" />
    <edge source="1" target="2" />
    <edge source="2" target="3" />
  </graph>
</graphml>
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ノードキーを持つディクショナリに x と y の値を割り当てます

In [1]: pos = {}

In [2]: for n,data in G.node.items():
   ...:     pos[n] = (data['x'],data['y'])
   ...:
于 2015-03-10T00:42:04.617 に答える