と を使用しようとしてdoMC
いforeach
ます%dopar%
。関数は次のとおりです。
doTheMath_MC <- function(st, end, nd) {
print(getDoParWorkers())
if (st > end) stop("end must be larger than st")
# Helper function from stackoverflow.com/a/23158178/633251
tr <- function(x, prec = 0) trunc(x * 10^prec) / 10^prec
# Function to use with foreach
fef <- function(i, j, num, trpi) {
if (num[j] >= num[i]) return(NULL)
val <- num[i]/num[j]
if (!tr(val, nd) == trpi) return(NULL)
return(c(i, j, tr(val, nd)))
}
# Here we go...
nd <- nd - 1
trpi <- tr(pi, nd)
num <- st:end
ni <- length(num)
ans <- foreach(i = 1:ni, .combine = rbind) %:%
foreach(j = 1:ni, .combine = rbind) %dopar% {
fef(i, j, num, trpi)
}
cat("Done computing", paste("EST", st, end, nd+1, sep = "_"), "\n")
if (is.null(ans)) return(NULL)
ans <- as.matrix(na.omit(ans)) # probably not needed in MC version
return(ans) # c("num", "den", "est", "eff")
}
以前にコアをセットアップしましたが、別の関数が上記の関数を呼び出しています (この情報は以下に投稿されていますが、問題ではないと思います)。 getDoParWorkers()
は、意図したとおりに 7 つのコアが割り当てられたことを報告しています。このcat
ステートメントは、出力に関する限り、2 つの「ループ」が正しく機能していることを確認します。ただし、使用するコアは 1 つだけです。誰でも理由がわかりますか?Mac OSX 10.10.2 および R 3.2 (2015-03-15 r67992)。最後に、 を使用doParallel
してすべてを制御すると、同じ結果が得られます。
すべてをセットアップする手順:
mn <- 1
mx <- 10000
jmp <- 1000
mc <- TRUE
if (mc) {
require("doMC")
registerDoMC(7)
}
st <- seq(mn -1, mx - jmp, jmp) + 1
end <- seq(mn - 1 + jmp, mx, jmp)
nd <- rep(1:15, each = mx/jmp) # watch the recycling
df <- data.frame(st = st, end = end, nd = nd)
for (i in 1:nrow(df)) {
findEsts(df$st[i], df$end[i], df$nd[i], MC = mc)
}