出力ファイルを生成し、それを以前に生成されたサンプルと比較するphpテストがあります。両方のファイルでphp関数「md5_file」を使用して比較します。私の問題は、両方のファイルの内容がまったく同じであっても、md5 関数が異なる値を出力することです (同じ結果で sha1_file でも試しました)。さらに、両方のファイルが同じであることを確認するために、両方のファイルを vimdiff と比較しました。また、あるファイルから別のファイルにファイルの内容を手動でコピーすると、比較に失敗します。
私の問題は、ubuntu 12.x を実行しているマシンで発生し、ファイルは git によって共有されています。
行末の問題かもしれないという印象がありますが、どうすれば確実なのかわかりません。