ネストされた因子を使用してデータの nMDS プロットを作成しようとしています。nMDS で、記号と色を使用して 1 つのプロットに両方の要素を表示したいと考えています。
この再現可能な例では、useが にネストされている場合moisture、プロットをMoisture異なるシンボルとして表示してからUse、異なる色で表示したいと考えています。
これまでのところ、私はこれを理解しました：
library("vegan")
library("BiodiversityR")
data(dune, dune.env)
MDS <- metaMDS(dune, distance="bray", strata=dune.env$Moisture)
MDS
plot(MDS$points[,2], MDS$points[,1], type="n", main="Communities by Use",
xlab="NMDS Axis 1", ylab="NMDS Axis 2", xlim=c(-1.5,1.5), ylim=c(-1.5,1.5))
ordisymbol(MDS, dune.env, factor="Use", cex=1.25, rainbow=T, legend=T)
これにより、さまざまなシンボルと色の両方としてさまざまな用途が得られますが、湿気については何もわかりません. 代わりに、さまざまな要因を表示することは可能ですか? 引数のどこかにあるとMDS$points[,]思いますが、それらが何をしているのか正確にはわかりません。