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よくあるサブシーケンスのリストを .txt ファイルから読み込んで、TraMineR にシーケンス オブジェクトとして認識させることはできますか?

残念ながら、生データがないため、分析を再現することはできません。私が持っている唯一のファイルは、頻繁なサブシーケンスを含む .txt ファイルです。データは前述の関数の出力のように見えるため、seqefsub()TraMineR パッケージの関数で作成されたと思います。maxGap=2

read.table()データ フレームとして読み取りますが、私が理解している限り、TraMineR はイベント シーケンスを多くの追加属性を持つリストとして処理します。たとえば、このファイルには含まれていません。それとも取り出し方がわからない...

これは、.txt ファイルの数行がどのように見えるかです。

                                             Subsequence    Support  Count
16                                           (WT4)-(WT3) 0.76666667    805
17                                                 (WL2) 0.76380952    802
18                                                  (S1) 0.76000000    798
19                                             (FRF,WL2) 0.74380952    781
20                                           (WT2)-(WT1) 0.70571429    741
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(テキスト) サブシーケンスからイベント シーケンス オブジェクトを作成するには、それらを垂直タイム スタンプ イベント (TSE) 形式に変換する必要があります。以下の関数は、データの仕事をします

## Function subseq.to.TSE
##  puts the sequences into TSE format using
##  position as timestamp
##  sdf: a data frame with columns Id, Subsequence, Support and Count.

subseq.to.TSE <- function(sdf){
  tse <- data.frame(id=0, event="", time=0)
  k <- 0
  for (i in 1:nrow(sdf)){
    id <- sdf[i,"Id"]
    s <- sdf[i,"Subsequence"]
    ss <- gsub("\\(","",s)
    ss <- gsub("\\)","",ss)
    # split transitions
    st <- strsplit(ss, split="-")[[1]]
    for (j in 1:length(st)){
      stt <- strsplit(st[j], split=",")[[1]]
      for(jj in 1:length(stt)){
        k <- k+1
        tse[k,1] <- id
        ## parsing for simultaneous events
        if (!(stt[jj] %in% levels(tse[,2])))
          {levels(tse[,2]) <- c(levels(tse[,2]),stt[jj])}
        tse[k,2] <- stt[jj]
        tse[k,3] <- j
      }
    }
  }

  return(tse)
 }

これを例のデータで使用する方法を次に示します。

最初に、名前を付けたデータ フレームを作成します。s.df

s.df <- data.frame(scan(what=list(Id=0, Subsequence="", Support=double(), Count=0)))
16 (WT4)-(WT3) 0.76666667    805
17 (WL2) 0.76380952    802
18 (S1) 0.76000000    798
19 (FRF,WL2) 0.74380952    781
20 (WT2)-(WT1) 0.70571429    741

# leave a blank line to end the scan

次に、 から TSE データを抽出し、s.dfを使用してイベント シーケンス オブジェクトを作成しますseqecreate。最後に、カウントをシーケンスの重みとして割り当てます。

s.tse <- subseq.to.TSE(s.df)
seqe <- seqecreate(s.tse)
seqeweight(seqe) <- s.df[,"Count"]

たとえば、イベント シーケンスを次のようにプロットできます。

seqpcplot(seqe)
于 2015-04-21T20:19:21.550 に答える