2 つの異なるマトリックス (マトリックス 1 は色を定義し、マトリックス 2 はアルファを定義する) から与えられるこれら 2 つのパラメーターを使用して、色と透明度の両方を考慮してヒートマップを生成することは可能ですか?
私が何を求めているかについてのもう少しの情報：
R と gplots パッケージの heatmap.2 関数を使用してヒートマップを生成することに成功しました。この場合は、miRNA 相互作用を視覚化します。ここで示したいのは、miRNA の典型的な 20 ～ 24 ヌクレオチドに沿った特定のヌクレオチドがターゲット ペアリングに関与している確率です。私のヒートマップ マトリックスは、miRNA (行) と位置 1 ～ 24 (列) で構成され、各セルのペアリング確率が数値で示されます。例としては、マトリックス値によって決定される色のアルファ パラメータを変更して、白 = ペアリングなし、濃い赤 = 高ペアリングのようにします。
heatmap.2 関数は、このような 1 つのプロットに対してはうまく機能しますが、ここでは、2 つの異なる種からの重複情報を取りたいと考えています。したがって、基本的に 2 つのマトリックスを考慮するには、ヒートマップが必要です。
1) 種の重複の度合いを示すマトリックス。たとえば、種 1 のみの赤紫青から種 1+2 から種 2 のみの範囲。
2) ペアリングの平均度を持つマトリックス。たとえば、マトリックス 1 の特定の位置で、弱から強への平均ペアリング (色に関係なく) に移行するアルファ パラメーターによって視覚化されます。
この投稿の原則を使用しようとしました。
しかし、その提案を自分の質問に適用することはできませんでした。
前もって感謝します！