R 言語とパッケージは初めてです。行列形式で約 9000 の遺伝子のペアワイズ ピアソン相関分析を行うために、ここのリンクからの情報に従って R で psych パッケージを使用しました。
しかし、サイケマニュアルでは解決できない分析上の問題に直面しています。
1 つ目: 一般的なエラー "Error in cor(x, use = use, method = method) : 'x' must be numeric" . 要素名を削除して値のみを保持すると、機能します。ヘッダーも含めるにはどうすればよいですか?次のコードは上記のエラーを示しています
library("psych")
myData <- read.clipboard.tab(header = TRUE)
corr.test(myData)
私の 2 番目の疑問: ピアソン相関 >=0.5 を持つペアをフィルタリングする最良の方法は何ですか? 私はそれを個別に行うべきですか、それともR自体にメソッドがありますか?
編集：
name experiment1 experiment2 experiment3
gene1 -0.05814212 -0.3844461 1.4553193
gene2 -0.22045895 0.43413392 1.774345
gene3 1.4845127 -2.4423246 0.37565866
gene4 2.4195287 2.6537158 2.6640055