javascript - 数時間経ってもvis.jsグラフが安定しない

Question

約1000ノードのネットワークがあります。と を設定stabilize:trueしzoomExtentOnStabilize: trueました。JSON関数を使用してノードが追加されていvis.network.gephiParser.parseGephi()ます。このグラフをプロットしようとすると、何時間もアイドル状態にした後でも安定しません。ただし、少数のノードは妥当な時間内に安定します。ここで何が欠けていますか。大きなグラフを安定させる方法はありますか。安定させるための反復回数を 1000 以上に設定してみました。助けてくれてありがとう。

PS: ノードの座標は JSON からは取得できません。グラフは、ユーザー入力に基づいて再描画されます。

編集 1: プロットされている JSON データはhttp://pastebin.com/raw.php?i=Mzy4ncxwで入手できます。エラーのため、jsbin で再現可能な例を作成できませんでしたCORS。
JavaScript コードは次のとおりです。

message = JSON.parse(json_data); // json_data is sent from R server.
var nodes = new vis.DataSet();
var edges = new vis.DataSet();
var container = document.getElementById("div_graph");
var data = {
  nodes: nodes,
  edges: edges
};
var options = {
  tooltip: {
    delay: 50,
    fontColor: "black",
    fontSize: 14, 
    fontFace: "verdana",
    color: {
      border: "#666",
      background: "#FFFFC6"
      } 
  },
  clustering: {
    enabled: clusteringOn,
    clusterEdgeThreshold: 50  
  },
  hideEdgesOnDrag: true,
  stabilize: true,
  zoomExtentOnStabilize: true,
  navigation: true,
  keyboard: true,
  edges: {
    inheritColor: "to"
  }
};
var network = new vis.Network(container, data, options);
nodes.clear();
edges.clear();
var parsed = vis.network.gephiParser.parseGephi(message);
nodes.add(parsed.nodes);
edges.add(parsed.edges);
network.redraw();